真空系統的作用是排出從冷阱中抽出的不可凝性氣體和空氣, 以建立能保持制品升華速率的真空度。高真空度有效地降低了水蒸氣氣流的阻力, 同時在干燥過程中由于沒有空氣的存在, 也就避免了氧化作用。

　　真空冷凍干燥時，冷阱內的壓強，不是越低越好，而是要控制在一定的范圍之內。壓強低當然有利于產品內冰的升華。但由于壓強太低時對傳熱不利，產品不易獲得熱量，升華速率反而降低。

　　當壓強太高時，產品內冰的升華速率減慢，于是產品自身的溫度上升，當高于一定程度時，產品將發生熔化，造成凍干失敗。